Центр коллективного пользования
Центр коллективного пользования
Центр коллективного пользования
Центр коллективного пользования
Центр коллективного пользования «Геномика, протеомика, метаболомика» создан в 2021 году в рамках программы создания и развития научного центра геномных исследований мирового уровня «Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины».
  • создание мультифункционального исследовательского комплекса, позволяющего расширить возможности экспериментов и автоматизацию процесса их проведения;
  • эффективное использование оборудования центра, а также техническое, методическое, метрологическое и информационное сопровождение для проведения экспериментальных и прикладных научных исследований на современном уровне;
  • решении комплексных задач с пересечением методов геномного, протеомного и метаболомного анализа;
  • совершенствование существующих, разработка и внедрение новых методик научных исследований в рамках приоритетных направлений развития науки и техники.
• Геномика
Использование инструментов и методов секвенирования следующего поколения и традиционной геномики для исследования различных биологических явлений;
Сделать проекты на основе геномики простыми и доступными для всех исследователей, независимо от их опыта в области технологий полногеномного секвенирования.

• Протеомика
Профилирование протеомов и пептидов различных биологических образцов (бактерии, клеточные линии, плазма крови, секретом, продукты питания);
Возможность полуколичественного и количественного профилирования тысяч белков и пептидов в рамках одного исследования.

• Метаболомика
Поиск диагностических маркеров различных патологий среди низкомолекулярных соединений, составляющих основу различных биохимических каскадов;
Отработка методик и оптимизация подходов для таргетного исследования метаболитов в различных биологических объектах.
Цели ЦКП
Направления центра
Анализатор генетический Applied Biosystems 3500xl, Hitachi
Генетический анализатор Applied Biosystems 3500xl широко используется в научных лабораториях для выполнения различных задач в области генетики и молекулярной биологии. Прибор отличается высокой точностью и производительностью, что делает его идеальным для анализа ампликонов, а также для крупномасштабных генетических исследований.
Система высокопроизводительного секвенирования NextSeq 1000, Illumina
Система NextSeq 1000 от Illumina - инструмент для секвенирования нового поколения. Благодаря своей высокой точности и производительности, эта система открывает широкие возможности для геномных исследований. Применяется для полногеномного, полноэкзомного и таргетного секвенирования, для секвенирования транскриптомов и метагеномов, Single-Cell РНК секвенирование.
Секвенатор нанопоровый PromethION, Oxford Nanopore Technologies
Нанопоровый секвенатор PromethION от компании Oxford Nanopore Technologies. Этот прибор открывает новые горизонты для исследователей, обеспечивая непревзойденную производительность. За счет длинных прочтений секвенатор идеально подходит для полногеномного секвенирования, анализа микробиома и сложных организмов.
Процессор магнитных частиц KingFisher Flex для очистки нуклеиновых кислот клеток и белков, Thermo Fisher Scientific
KingFisher Flex Purification System — это полностью автоматизированная система для выделения и очистки ДНК/РНК из различных источников. Она позволяет обрабатывать большие объемы образцов с высокой эффективностью.
Автоматический встряхиватель для механического лизиса биоматериала Magna Lyser, Roche
MagNA Lyser от Roche — это автоматический встряхиватель для механического лизиса биоматериала, который используется для подготовки образцов перед выделением нуклеиновых кислот. Устройство обеспечивает эффективную гомогенизацию различных биоматериалов за счет использования кварцевых бусин разного диаметра, что позволяет адаптировать протоколы для образцов различного происхождения.
Оборудование для фрагментации ДНК Covaris ME220 Focused-ultrasonicator, Covaris
Covaris M220 Focused Ultrasonicator — передовая система, созданная для точной фрагментации ДНК и РНК с помощью технологии Adaptive Focused Acoustics™ (AFA). Она гарантирует получение фрагментов заданной длины с высокой воспроизводимостью и минимальными потерями, что особенно важно для геномных и транскриптомных проектов.
Анализатор Freedom EVO 100/8 автоматический модульный с принадлежностями, Tecan
Tecan Freedom Evo — это роботизированная система для автоматизированной подготовки библиотек ДНК/РНК для высокопроизводительного секвенирования, очистки образцов. Система обеспечивает высокую производительность и точность, значительно ускоряя процесс пробоподготовки в лабораторных исследованиях.
Флуориметр Qubit 4, 2-канала: 430-495/510-580 и 600-645/665-720 нм, Invitrogen
Флуориметр Qubit 4 предназначен для высокоточного измерения концентраций ДНК, РНК и библиотек, что является важным этапом при подготовке образцов для молекулярно-биологических исследований, таких как секвенирование и ПЦР. Прибор гарантирует исключительную точность, особенно при работе с небольшими объемами образцов.
Флуориметр для измерения концентраций ДНК и РНК Qubit Flex, Invitrogen
Флуориметр Qubit Flex от Invitrogen предоставляет возможность точного измерения концентраций ДНК, РНК и белков, что делает его незаменимым инструментом для молекулярных исследований, таких как секвенирование и количественная ПЦР. Благодаря гибкости в использовании и высокоточным измерениям, прибор идеально подходит для лабораторий, где требуется анализ большого числа образцов.
Биоанализатор TapeStation 4150, Agilent Technologies
Биоанализатор TapeStation 4150 от Agilent Technologies — это современная система автоматического электрофореза, специально разработанная для анализа качества ДНК, РНК и NGS-библиотек. Прибор обеспечивает высокую скорость и точность анализа, что делает его незаменимым инструментом в лабораториях, работающих с подготовкой образцов для высокопроизводительного секвенирования.
Оборудование для высокоплотного генотипирования iScan, Illumina
Система анализа однонуклеотидных полиморфизмов iScan от компании Illumina — это высокопроизводительный инструмент, разработанный для проведения генотипирования и скрининговых исследований в транскриптомике, эпигенетике и других областях геномных исследований. Эта система позволяет проводить параллельный анализ до 5 000 000 однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека и других организмов, что делает её незаменимым инструментом в биомедицинских исследованиях.
Другие приборы
Система пробоподготовки и высокопроизводительного секвенирования Ion Proton, Thermo Fisher Scientific
Ion Proton от компании Thermo Fisher Scientific — это система секвенирования, использующая полупроводниковую технологию, которая обеспечивает высокую производительность и скорость работы. Прибор предназначен для выполнения различных генетических и молекулярно-биологических исследований, от секвенирования экзомов до анализа древней ДНК.
Система высокопроизводительного секвенирования HiSeq 2500 Sequencing System, Illumina
HiSeq 2500 от компании Illumina — это система секвенирования второго поколения, широко используемая в геномных исследованиях. Она позволяет проводить секвенирование с высокой точностью и скоростью, делая возможным выполнение крупных проектов по изучению генома, экзома, транскриптомов и метагеномов. Применяется для полногеномного, полноэкзомного и таргетного секвенирования, для секвенирования транскриптомов и метагеномов, Single-Cell РНК секвенирование.
Система генерации кластеров cBotTM Cluster Generation System, Illumina
Система cBot™ Cluster Generation System предназначена для автоматической генерации кластеров ДНК, что является ключевым этапом в процессе высокопроизводительного секвенирования. Используя данную систему, пользователи могут существенно повысить эффективность и точность подготовки образцов для последующего секвенирования на платформе HiSeq 2500.
Набор для электрофореза E-Gel Power Snap SizeSelect II 2%, Invitrogen
Набор для электрофореза Invitrogen E-Gel Power Snap с 2% агарозными гелями E-Gel SizeSelect II предлагает удобное и быстрое решение для выбора размера фрагментов ДНК в процессе секвенирования следующего поколения (NGS). Этот набор позволяет существенно ускорить подготовку библиотек и повысить эффективность.
ДНК-амплификатор MiniAmp Plus, Thermo Fisher Scientific
Амплификатор с 3-зонным блоком VeriFlex на 96 лунок объемом 0,2 мл — это компактное и высокоточное устройство, предназначенное для выполнения ПЦР в лабораторных условиях.
Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот 1000 CFX Manager исполнение C1000 Touch, Bio-Rad
Термоциклер C1000 Touch с оптическим модулем CFX Manager — универсальное оборудование для амплификации нуклеиновых кислот, обеспечивающее высокую точность и надежность в научных и диагностических исследованиях. Применяется для амплификации ДНК для научных исследований и диагностики, количественной оценки экспрессии генов, анализа генотипов для популяционной генетики и медицинских исследований, высокопроизводительного секвенирования ДНК/РНК, исследование эпигенетических изменений.
Вычислительный сервер
Наши вычислительные серверы обеспечивают высокую производительность для биоинформатической обработки данных. Мы используем два сервера, оснащенных 128 и 256 виртуальными процессорными ядрами, что позволяет эффективно обрабатывать большие объемы данных и выполнять сложные вычислительные задачи.
Каждый сервер имеет 2 ТБ оперативной памяти (ОЗУ), что гарантирует быструю обработку и анализ данных, необходимый для современных исследований в области генетики, метагеномики и других направлений биоинформатики.
Кроме того, наши серверы подключены к сетевому хранилищу данных с общим объемом около 400 ТБ. Это позволяет надежно хранить и управлять большими наборами данных, обеспечивая доступ к необходимой информации в любое время.
Автоклав MLS-3020U-PE 48 л вертикальный, PHCBI
Автоклав MLS-3020U-PE представляет собой высокотехнологичное устройство для стерилизации, произведенное компанией PHCBI в Японии. Этот вертикальный автоклав объемом 48 литров предназначен для обеспечения надежной и эффективной стерилизации в лабораторных условиях. Он предназначен для стерилизации широкого спектра лабораторного оборудования и инструментов и незаменим при подготовке культуральных сред и для стерилизации лабораторных отходов. Он оснащен микропроцессорным управлением, что позволяет проводить автоматические циклы стерилизации, адаптированные к различным задачам и типам применяемых материалов.
Автоматическая система для синтеза пептидов Liberty Blue, CEM
Liberty Blue — это автоматизированный микроволновый пептидный синтезатор, предназначенный для высокоэффективного твердофазного синтеза пептидов. Данный прибор является современным решением для синтеза пептидов, обеспечивая быстрые и точные результаты благодаря использованию микроволнового реактора.
Ферментер (биореактор) клеточный Miniforc 2 Inforc, сосуд 1,5 литра, INFORS HT
Предназначен для культивирования клеток и проведения различных биотехнологических процессов. Minifors 2 со стеклянным сосудом объемом 1,5 литра идеально подходит для исследований и производственных процессов, связанных с клеточным культивированием. Благодаря встроенной системе контроля, этот биореактор позволяет в реальном времени наблюдать за изменениями в культуре и вносить необходимые корректировки для достижения наилучших результатов.
Другие приборы
Ферментер (биореактор) бактериальный Minifors 2 Infors. сосуд 3л, INFORS HT
Предназначен для культивирования микроорганизмов и проведения ферментационных процессов. Этот биореактор идеально подходит для научных исследований, требующих строгого контроля параметров и высокой точности. Minifors 2 оснащен всеми необходимыми функциями для обеспечения стабильности процесса и достижения оптимальных условий для роста микроорганизмов. Благодаря компактности и универсальности, этот биореактор является отличным выбором для лабораторий, занимающихся исследовательскими и прикладными задачами в области биотехнологии.
Ферментер (биореактор) бактериальный Minifors 2, сосуд 6 литров, INFORS HT
Биореактор является незаменимым инструментом для исследований в области культивирования микроорганизмов и оптимизации ферментационных процессов. Minifors 2 оснащен передовыми функциями, обеспечивающими высокую стерильность, эффективное перемешивание и постоянную аэрацию, что делает его идеальным решением для различных научных задач. Minifors 2 оснащен турбиной Раштона, обеспечивающей высокую скорость перемешивания и оптимальный газообмен даже при высокой плотности культуры. Благодаря встроенной системе контроля, биореактор позволяет оперативно отслеживать изменения в культуре, обеспечивая возможность быстрой корректировки условий для достижения лучших результатов.
Камера для полусухого блоттинга TE77XP, Hoefer
Высокоэффективное решение для полусухого переноса белков из полиакриламидных гелей на нитроцеллюлозные и PVDF мембраны. Этот прибор обеспечивает быстрый и качественный перенос белков, что делает его незаменимым инструментом для лабораторий, занимающихся молекулярной биологией и биохимией.
Микроскоп медико-биологический Nikon Eclipse, Nikon
Медико-биологический микроскоп, который стал эталоном универсальности и качества изображения в научных исследованиях. Этот инструмент идеально подходит для широкого спектра задач, от медицинских и биологических исследований до образовательных программ. Применяется в медицинских исследованиях (в патологии, гистологии и цитологии, для точной диагностики и анализа), в биологических исследованиях (изучение клеток, тканей и микроорганизмов в биологических лабораториях).
Морозильная камера Binder 9020-0348 UF V700 объем 700 л от -40С до -86С, Binder
Предназначена для надежного хранения образцов при сверхнизких температурах. Эта камера идеально подходит для лабораторий, занимающихся долгосрочным хранением биологических и химических материалов. Она подходит для использования в биомедицинских лабораториях, исследовательских центрах и фармацевтических компаниях, обеспечивая долговременное и безопасное хранение ценных образцов.
Морозильник вертикальный однодверный серии Forma 900 368л, -50С до -86С, Thermo Fisher Scientific
Педназначен для безопасного и долгосрочного хранения биологических и медицинских образцов при сверхнизких температурах. Это надежное решение для лабораторий, работающих с ценными образцами. Он используется в биомедицинских и исследовательских лабораториях для надежного хранения биологических образцов, таких как клетки, ДНК, РНК, белки и другие биоматериалы.
Низкотемпературный морозильник вертикальный Innova U360 объем 360л, -50С до -86С, Thermo Fisher Scientific
Морозильник Innova U360 — это надежное и высокоэффективное решение для хранения биологических образцов при экстремально низких температурах. Этот морозильник идеально подходит для лабораторий, требующих длительного хранения материалов в условиях глубокой заморозки. Морозильник подходит для хранения клеточных культур, биологических образцов, медицинских препаратов и других материалов, требующих стабильных условий заморозки.
Криохранилище Locator 4 Plus, Thermo Fisher Scientific
Высокоэффективное криохранилище объемом 121 литр, предназначенное для безопасного хранения до 4 000 биологических образцов в жидком азоте. Это оборудование обеспечивает долгосрочное и надежное хранение образцов в криопробирках объемом от 1 мл до 2 мл, со сроком статического хранения до 122 дней. В комплекте с криохранилищем идут 4 штатива, предназначенные для горизонтального размещения до 10 криокоробок для проб, с вместимостью от 81 до 100 пробирок в зависимости от их объема.
Напольный шейкер-инкубатор Innova 43R, New Brunswick Scientific
Шейкер-инкубатор Innova 43R от компании New Brunswick — это универсальный прибор, предназначенный для культивирования клеток и проведения экспериментов в контролируемых температурных условиях. Он оснащен функцией охлаждения и обеспечивает высокую точность контроля температуры и скорости вращения, что делает его идеальным для проведения экспериментов в молекулярной биологии и микробиологии. Шейкер-инкубатор подходит для культивирования микроорганизмов, клеточных культур и проведения биохимических исследований, требующих точного контроля температуры и условий перемешивания.
Препаративная ультрацентрифуга серии Optima X XPN-90 Ротор угловой TYPE 50.2, ротор бакетный SW 40TI, Beckman Coulter Life Sciences
Ультрацентрифуга Optima X XPN-90 — это высокопроизводительный прибор, предназначенный для проведения исследований в области геномики, протеомики и клеточного анализа. Данная модель оснащена передовыми функциями и возможностями для обработки образцов в широком диапазоне условий.
Другие приборы
Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот 1000 CFX Manager, BIO-RAD, 2019
Термоциклер C1000 Touch с оптическим модулем CFX Manager — универсальное оборудование для амплификации нуклеиновых кислот, обеспечивающее высокую точность и надежность в научных и диагностических исследованиях. Применяется для амплификации ДНК для научных исследований и диагностики, количественной оценки экспрессии генов, анализа генотипов для популяционной генетики и медицинских исследований, высокопроизводительного секвенирования ДНК/РНК, исследование эпигенетических изменений.
Синтезатор автоматический твердофазный биоорганический PurePep Chorus, Gyros Protein Technologies
PurePep Chorus представляет собой передовое решение для автоматизированного синтеза пептидов и белков, позволяя одновременно синтезировать до 4 различных соединений с высокой точностью и эффективностью. Этот инструмент специально разработан для лабораторий, которые занимаются сложными синтетическими процессами и требуют высокой степени автоматизации и надежности. Автоматизация процессов значительно ускоряет синтез, повышая продуктивность и снижая временные затраты, а благодаря передовым системам контроля, обеспечивается высокое качество синтезируемых пептидов с минимальной вероятностью ошибок. Система поддерживает широкий спектр приложений, включая синтез стандартных пептидов и более сложные белковые модификации.
Система хроматографическая AKTA pure M1, GE
Хроматографическая система AKTA pure M1 предназначена для быстрой и эффективной очистки белков, пептидов и нуклеиновых кислот, обеспечивая высокую гибкость и надежность в лабораторных исследованиях.
Система ввода проб на базе хроматографа жидкостного Ultimate 3000 RSLCnano, Thermo Fisher Scientific
Ultimate 3000 RSLCnano — это высокоэффективная жидкостная хроматографическая система, специально разработанная для работы с нанопотоками элюентов, обеспечивая высокую чувствительность и разрешение при анализе сложных проб. Используется для хроматографического разделения в протеомике и других областях, требующих высокой точности и селективности. Эта система обеспечивает высокую производительность и точность анализа при низких потоках, что делает её идеальной для задач, связанных с исследованием биомолекул и протеомикой.
Система очистки лабораторной воды Simplysity UV, Millipore
Система Simplicity® UV — это эффективное решение для лабораторий, потребляющих до 5 литров сверхчистой воды (тип 1) в день. Эта система предназначена для получения воды высочайшего качества из предварительно очищенной воды, такой как вода из систем Elix, RiOs, дистиллированная, деионизованная или прошедшая очистку через обратноосмотическую мембрану.
Хроматограф LC-20 Prominence жидкостный высокоэффективный с масс-спектрометрическим детектором, Shimadzu
Жидкостный хроматограф LC-20 Prominence подходит для исследований в области геномики, протеомики и клеточного анализа, обеспечивая проведение сложных анализов с высокой точностью и скоростью. Жидкостный хроматограф LC-20 Prominence с масс-спектрометрическим детектором — это высокотехнологичное решение для лабораторий, работающих с анализом биомолекул, лекарственных веществ и других сложных образцов.
Хроматограф жидкостный Shimadzu LC-30, Shimadzu
Жидкостной хроматограф Shimadzu LC-30ACMP, оснащенный технологией сверхвысокого давления для обеспечения высочайшей точности и производительности. Аппарат сочетает в себе мультисэмплер и дополнительный кран для термостатирования колонок, что делает его идеальным инструментом для реализации широкого спектра хроматографических методик — от сверхбыстрой до полумикро и стандартной жидкостной хроматографии.
Другие приборы
Кислотостойкий вакуумный концентратор Centri Vap, Labcono
CentriVap идеально подходит для быстрой концентрации образцов в условиях вакуума, контролируемого нагрева и постоянной центробежной силы. Оно предназначено для работы с образцами, содержащими низкие концентрации химических соединений, таких как трифторуксусная, соляная, уксусная и бромистоводородная кислоты, а также гидроксиды аммония и натрия. Прибор может работать с различными размерами пробирок от 0,5 до 50 мл, включая микропланшеты и глубоколуночные планшеты.
Клеточный анализатор xCelligence RTCA DP, Agilent Technologies
Современное решение для проведения многопараметрического анализа в режиме реального времени без использования меток. Этот анализатор использует метод измерения электрического сопротивления через встроенные биосенсоры, что позволяет наблюдать за жизнедеятельностью клеточных культур с высокой точностью и без необходимости использования флуоресцентных или химических меток.
Комплекс оборудования для чистых и особо чистых помещений ЛПУ КОЧ "Ламинар-С", Lamsystems
Готовое решение для создания чистых и особо чистых помещений и зон, соответствующих строгим требованиям ГОСТ. Этот комплекс оборудования обеспечивает поступление чистого воздуха, эффективное удаление загрязняющих частиц и поддержание необходимого воздушного баланса, что делает его незаменимым для проведения работ в условиях, требующих высокого уровня чистоты.
Центрифуга Eppendorf 5418R с охлаждением и ротором FA-45-18-11, Eppendorf
Центрифуга Eppendorf 5418R с ротором на 18 мест, идеально подходящую для работы с пробирками объемом 1,5/2,0 мл и микроконтейнерами. Этот прибор разработан для стандартных приложений молекулярной биологии, обеспечивая высокие скорости центрифугирования до 16,873 × g. Компактная и удобная в использовании центрифуга отличается минимальной высотой доступа и бесшумной работой.
Камера для вертикального электрофореза Mini-PROTEAN Tetra Cell на 4 геля, BioRad
Система Mini-PROTEAN® Tetra — это удобная и эффективная камера для вертикального электрофореза полиакриламидных гелей от компании Bio-Rad. Благодаря возможности постановки до 4 гелей одновременно, эта камера позволяет значительно повысить производительность исследований.
Камера для вертикального электрофореза Criterion Cell 13.3*8.7 см, Bio-Rad
Камера для вертикального электрофореза Criterion Cell — это надежное и удобное решение для проведения электрофореза в формате миди. Камера предназначена для быстрого и эффективного разделения белков или нуклеиновых кислот с использованием гелевых кассет. Этот прибор позволяет ускорить процесс проведения электрофореза и повысить его точность благодаря продуманной конструкции и удобным инструментам для работы с гелевыми кассетами.
Микротом ротационный серии HM300 вариант исполнения HM 340E, Thermo Fisher Scientific
Передовое решение для точного и безопасного приготовления микроскопических срезов. Этот инструмент идеально подходит для лабораторий, требующих высококачественных и точных срезов тканей для дальнейшего анализа. Он является незаменимым инструментом для проведения гистологических и патоморфологических исследований, предоставляя высокое качество срезов и безопасность для оператора.
Автомат для гистологической проводки Thermo Scientific Excelsior AS, Thermo Fisher Scientific
Thermo Scientific Excelsior AS — это высокоэффективный автомат для гистологической проводки, используемый в лабораториях для подготовки биологических тканей к микроскопическим исследованиям. Он автоматизирует ключевые этапы обработки образцов, включая дегидратацию, просветление и пропитку парафином, что обеспечивает высокое качество готовых препаратов.
Станция для заливки биологических тканей парафином HistoStar, Thermo Fisher Scientific
Станция HistoStar обеспечивает высококачественную заливку биологических тканей парафином, что является важным этапом в гистологических исследованиях. Это оборудование помогает достичь точности и эффективности в подготовке образцов для дальнейшего анализа.
Иммуностейнер автоматический Ventana BenchMark XT, Roche
Автоматический прибор Ventana BenchMark XT представляет собой высокотехнологичное решение для проведения иммуногистохимических исследований и гибридизации in situ (IHC/ISH). Это оборудование обеспечивает точность и эффективность на каждом этапе процесса, от сушки образцов до окончательного окрашивания.
Система для препаративной обработки и анализа биомолекул Bio-Lab 30 СТМ, Hanbon Sci. & Tech
Препаративная хроматографическая система BioLab – высокоэффективная и надежная автоматическая хроматографическая система для очистки белков, пептидов, нуклеиновых кислот и других биологических молекул от микрограммов до граммов. Bio-Lab 30 СТМ – полностью автоматизированный препаративный хроматограф низкого давления. Прибор совместим с хроматографическими колонками небольших размеров.
Другие приборы
Прейскурант на услуги
Цены указаны в пересчете на один образец и действительны с 01.01.2025 по 31.12.2025
Для оформления заявки на выполнение работ (оказание услуг) ЦКП необходимо скачать и заполнить forma_ckp.doc и отправить ее по адресу электронной почты ckp@rcpcm.org или заполнить форму ниже.
Заявка
Руководитель работ (проекта, гранта) является молодым исследователем (до 39 лет вкл.)
Использование результатов в образовательном процессе (диплом, диссертация)
В случае опубликования результатов работ обязуюсь в публикации указать, что результат получен посредством оборудования ЦКП
2025

1) Phage-antibiotic combinations against Klebsiella pneumoniae: impact of methodological approaches on effect evaluation
Gorodnichev RB, Krivulia AO, Kornienko MA, Abdraimova NK, Malakhova MV, Zaychikova MV, Bespiatykh DA, Manuvera VA, Shitikov EA.
Front Microbiol. 2025 Mar 12;16:1530819.

2) Method for Analyzing the Antimicrobial Activity of Peptides via the Escherichia coli Expression System
Grafskaia E.N., Kharlampievа D.D., Bobrovsky P.A., Serebrennikova M.Y., Lazarev V.N., Manuvera V. A.
Applied Biochemistry and Microbiology, 2025, Vol. 61, No. 1, pp. 76–83

3) Vic9 mycobacteriophage: the first subcluster B2 phage isolated in Russia
Zaychikova M, Malakhova M, Bespiatykh D, Kornienko M, Klimina K, Strokach A, Gorodnichev R, German A, Fursov M, Bagrov D, Vnukova A, Gracheva A, Kazyulina A, Shleeva M and Shitikov E
Front. Microbiol. 15:1513081.

4) From Genes to Disease: Reassessing LOXHD1 and AGBL1’s Contribution to Fuchs’ Dystrophy
Tsedilina, T.R.; Sharova, E.I.; Kanygina, A.V.; Malyugin, B.E.; Antonova, O.P.; Belodedova, A.V.; Tkachenko, I.S.; Gelyastanov, A.M.; Zolotarev, A.V.; Klokov, A.V.; et al.
Int. J. Mol. Sci. 2025, 26, 3343.

5) A Quinoxaline 1,4-Dioxide Activates DNA Repair Systems in Mycobacterium smegmatis: A Transcriptomic Study
Bekker, O.B.; Galanova, O.O.; Vatlin, A.A.; Frolova, S.G.; Shitikov, E.A.; Bespiatykh, D.A.; Klimina, K.M.; Veselovsky, V.A.; Ilyasov, R.A.; Smirnova, S.V.; et al.
Int. J. Mol. Sci. 2025, 26, 3689.
2024

1) Протеомный и транскриптомный ответ скелетной мышцы человека на 12-недельную силовую тренировку
Леднев Е.М., Вепхвадзе Т.Ф., Смирнов И.П., Султанов Р.И., Желанкин А.В., Каныгина А.В., Попов Д.В., Генерозов Э.В.
Гены и клетки. 2024. Т. 19, № 2. С. 279–295.

2) Whole-genome sequence of Bacillus subtilis TR6 strain isolated from tomato (Solanum lycopersicum L.) roots
Chebotar VK, Gancheva MS, Chizhevskaya EP, Keleinikova OV, Baganova ME, Zaplatkin AN, Pishchik VN.
Microbiol Resour Announc. 2024 Dec 12;13(12):e0090524.

3) Identification of Genomic Predictors of Muscle Fiber Size
Guilherme, J. P. L. F., Semenova, E. A., Kikuchi, N., Homma, H., Kozuma, A., Saito, M., Zempo, H., Matsumoto, S., Kobatake, N., Nakazato, K., Okamoto, T., John, G., Yusupov, R. A., Larin, A. K., Kulemin, N. A., Gazizov, I. M., Generozov, E. V., & Ahmetov, I. I. (2024).
Cells, 13(14), 1212.

4) Применение полуколичественной петлевой изотермической амплификации для оценки уровня экспрессии генов в культуре клеток Expi293
Бобровский П.А., Графская Е.Н., Харлампиева Д.Д., Фисунов Г.Ю., Манувера В.А., Лазарев В.Н.
Гены и клетки. 2024. Т. 19, № 4. С. 425–440.

5) An Escherichia coli Strain for Plasmid DNA Production with a Low Endotoxin Level
Kharlampieva, D.D., Bobrovsky, P.A., Grafskaia, E.N. et al.
Appl Biochem Microbiol 60, 1147–1152 (2024).

6) Effect of the consumption of brazzein and monellin, two recombinant sweet-tasting proteins, on rat gut microbiota
Veselovsky VA, Boldyreva DI, Olekhnovich EI, Klimina KM, Babenko VV, Zakharevich NV, Larin AK, Morozov MD, Zoruk PY, Sergiev PV, Dontsova OA, Maev IV, Novik TS, Kotlobay AA, Lazarev VN and Lagarkova MA (2024).
Front. Nutr. 11:1362529.

7) Systemic metabolic depletion of gut microbiome undermines responsiveness to melanoma immunotherapy
Zakharevich N.V., Morozov M.D., Kanaeva V.A., Filippov M.S., Zyubko T.I., Ivanov A.B., Ulyantsev V.I., Klimina K.M. and Olekhnovich E.I.
Life Science Alliance Mar 2024, 7 (5) e202302480

8) Variants of a major DNA satellite discriminate parental subgenomes in a hybrid parthenogenetic lizard Darevskia unisexualis (Darevsky, 1966)
Nikitin, P., Sidorov, S., Liehr, T., Klimina, K., Al-Rikabi, A., Korchagin, V., Kolomiets, O., Arakelyan, M., & Spangenberg, V. (2024).
Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution, 1–12.

9) An improved and extended dual-index multiplexed 16S rRNA sequencing for the Illumina HiSeq and MiSeq platform
Larin A.K., Klimina K.M., Veselovsky V.A., Olekhnovich E.I., Morozov M.D., Boldyreva D.I., Yunes R.A., Manolov A.I., Fedorov D.E., Pavlenko A.V., Galeeva Y.S., Starikova E.V. and Ilina E.N.
BMC Genom Data 25, 8 (2024).

10) IQGAP3 Is an Important Mediator of Skin Inflammatory Diseases
Zolotarenko, A.; Bruskin, S.
Int. J. Mol. Sci. 2024, 25, 4545.

11) Microbial Signatures in COVID-19: Distinguishing Mild and Severe Disease via Gut Microbiota. Biomedicines
Galeeva JS, Fedorov DE, Starikova EV, Manolov AI, Pavlenko AV, Selezneva OV, Klimina KM, Veselovsky VA, Morozov MD, Yanushevich OO, Krikheli NI, Levchenko OV, Andreev DN, Sokolov FS, Fomenko AK, Devkota MK, Andreev NG, Zaborovskiy AV, Bely PA, Tsaregorodtsev SV, Evdokimov VV, Maev IV, Govorun VM, Ilina EN.
2024 May 1;12(5):996.

12) Bacteroides vesicles promote functional alterations in the gut microbiota composition
Shagaleeva OY, Kashatnikova DA, Kardonsky DA, Efimov BA, Ivanov VA, Smirnova SV, Evsiev SS, Zubkov EA, Abramova OV, Zorkina YA, Morozova AY, Vorobeva EA, Silantiev AS, Kolesnikova IV, Markelova MI, Olekhnovich EI, Morozov MD, Zoruk PY, Boldyreva DI, Kazakova VD, Vanyushkina AA, Chaplin AV, Grigoryeva TV, Zakharzhevskaya NB.
Microbiol Spectr. 2024 Nov 5;12(11):e0063624.

13) Whole-genome sequence of Bacillus paralicheniformis strain R243 isolated from rice (Oryza sativa L.) roots
Chebotar VK, Gancheva MS, Keleinikova OV, Baganova ME, Zaplatkin AN, Pishchik VN, Chizhevskaya EP.
Microbiol Resour Announc. 2024 Nov 12;13(11):e0087924.

14) Age-Related Specificities of the Gut Microbiota Composition of Rhesus Macaques Kept in Captivity
Polyakova, V.I., Krivonos, D.V., Klimina, K.M., Veselovsky, V.A., Orlov, A.V., Fedorov, D.E., Korneenko, E.V.,Penkin, L.N., Pavlenko, A.V., Ilina, E.N., Arshba, I. M.
Mol. Genet. Microbiol. Virol. 39, 249–258 (2024).

15) Oropharyngeal resistome remains stable during COVID-19 therapy, while fecal resistome shifts toward a less diverse resistotype
Starikova EV, Galeeva YS, Fedorov DE, Korneenko EV, Speranskaya AS, Selezneva OV, Zoruk PY, Klimina KM, Veselovsky VA, Morozov MD, Boldyreva DI, Olekhnovich EI, Manolov AI, Pavlenko AV, Kozlov IE, Yanushevich OO, Krikheli NI, Levchenko OV, Andreev DN, Sokolov FS, Fomenko AK, Devkota MK, Andreev NG, Zaborovsky AV, Tsaregorodtsev SV, Evdokimov VV, Bely PA, Maev IV, Govorun VM, Ilina EN.
iScience. 2024 Nov 5;27(12):111319.

16) High heterogeneity of cross-reactive immunoglobulins in multiple sclerosis presumes combining of B-cell epitopes for diagnostics: a case-control study
Ovchinnikova LA, Eliseev IE, Dzhelad SS, Simaniv TO, Klimina KM, Ivanova M, Ilina EN, Zakharova MN, Illarioshkin SN, Rubtsov YP, Gabibov AG and Lomakin YA (2024).
Front. Immunol. 15:1401156.

17) Multiomics analysis of Staphylococcus aureus ST239 strains resistant to virulent Herelleviridae phages
Kornienko M, Bespiatykh D, Abdraimova N, Gorodnichev R, Gostev V, Boldyreva D, Selezneva O, Veselovsky V, Pobeguts O, Smirnov I, Arapidi G, Klimina K, Shitikov E.
Sci Rep. 2024 Nov 26;14(1):29375.

18) Response of Staphylococcus aureus to combination of virulent bacteriophage vB_SauM-515A1 and linezolid
Abdraimova NK, Shitikov EA, Bespiatykh DA, Gorodnichev RB, Klimina KM, Veselovsky VA, Boldyreva DI, Bogdanova AS, Klinov DV and Kornienko MA (2024).
Front. Microbiol. 15:1519312.

19) The effect size of rs521851 in the intron of MAGI2/S-SCAM on HADS-D scores correlates with EAT-26 scores for eating disorders risk
Pinakhina D, Kasyanov E, Rukavishnikov G, Larin AK, Veselovsky VA, Rakitko A, Neznanov N, Kibitov A, Mazo G and Artomov M (2024).
Front. Psychiatry 15:1416009.
2023

1) Novel Derivatives of Quinoxaline-2-carboxylic Acid 1,4-Dioxides as Antimycobacterial Agents: Mechanistic Studies and Therapeutic Potential
Frolova, S.G.; Vatlin, A.A.; Maslov, D.A.; Yusuf, B.; Buravchenko, G.I.; Bekker, O.B.; Klimina, K.M.; Smirnova, S.V.; Shnakhova, L.M.; Malyants, I.K.; et al.
Pharmaceuticals 2023, 16, 1565.

2) A revised SNP-based barcoding scheme for typing Mycobacterium tuberculosis complex isolates
Shitikov E, Bespiatykh D. 2023.
mSphere 8:e00169-23.

3) Transcriptional Landscapes of Herelleviridae Bacteriophages and Staphylococcus aureus during Phage Infection: An Overview
Kornienko, M.; Bespiatykh, D.; Gorodnichev, R.; Abdraimova, N.; Shitikov, E.
Viruses 2023, 15, 1427.

4) Microbial communities of the upper respiratory tract in mild and severe COVID-19 patients: a possible link with the disease course
Galeeva JS, Starikova EV, Fedorov DE, Manolov AI, Pavlenko AV, Konanov DN, Krivonos DV, Babenko VV, Klimina KM, Veselovsky VA, Morozov MD, Gafurov IR, Gaifullina RF, Govorun VM and Ilina EN (2023).
Front. Microbiomes 2:1067019.

5) PAPP-A-Specific IGFBP-4 Proteolysis in Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes
Adasheva DA, Lebedeva OS, Goliusova DV, Postnikov AB, Teriakova MV, Kopylova IV, Lagarkova MA, Katrukha AG, Serebryanaya DV.
Int J Mol Sci. 2023 May 8;24(9):8420.

6) Consistent Stool Metagenomic Biomarkers Associated with the Response To Melanoma Immunotherapy
Olekhnovich EI, Ivanov AB, Babkina AA, Sokolov AA, Ulyantsev VI, Fedorov DE, Ilina EN.
mSystems. 2023 Apr 27;8(2):e0102322.
2022

1) The Gene Expression Profile Differs in Growth Phases of the Bifidobacterium Longum Culture
Veselovsky VA, Dyachkova MS, Bespiatykh DA, Yunes RA, Shitikov EA, Polyaeva PS, Danilenko VN, Olekhnovich EI, Klimina KM.
Microorganisms. 2022 Aug 21;10(8):1683.

2) Proteomic Analysis of Zebrafish Protein Recoding via mRNA Editing by ADAR Enzymes
Nasaev, S.S., Kopeykina, A.S., Kuznetsova, K.G., Levitsky L.I., Moshkovskii S.A.
Biochemistry Moscow 87, 1301–1309 (2022).
адрес: Россия, Москва, 119435, Малая Пироговская, д. 1а
руководитель ЦКП «Геномика, протеомика, метаболомика»
Полина Надежда Федоровна
e-mail руководителя: polinanf@rcpcm.org
e-mail ЦКП: ckp@rcpcm.org
Made on
Tilda