Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов
- Изучение геномной структуры и эволюции Mycobacterium tuberculosis
- Анализ вирулентности и адаптационных механизмов M. tuberculosis с применением омиксных технологий
- Выделение, характеристика и таксономия бактериофагов клинически значимых патогенов
- Исследование молекулярных механизмов взаимодействия бактериофагов и бактерий
- Изучение комбинированного действия бактериофагов и антибиотиков на устойчивые штаммы бактерий
- Оценка антимикробного потенциала производных бактериофагов, включая деполимеразы
- Разработка методов быстрой диагностики и типирования бактерий и бактериофагов
- Разработка и оптимизация подходов к фаговой терапии бактериальных инфекций
- Персонализированные стратегии лечения антибиотикорезистентных инфекций на основе фагов и антибиотиков
Основные направления исследований лаборатории
Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов была создана в 2004 году по приказу основателя Института, академика Юрия Михайловича Лопухина. Первым руководителем лаборатории стала Елена Николаевна Ильина — в настоящее время доктор биологических наук, член-корреспондент РАН. С 2019 года лабораторией руководит д.б.н. Егор Александрович Шитиков.
Становление лаборатории ознаменовалось реализацией крупных проектов, посвященных молекулярному мониторингу и системной биологии Neisseria gonorrhoeae (2003 – 2008 гг), разработке и внедрению в практику масс-спектрометрических методов идентификации и типирования микроорганизмов (2005 – 2012 гг), апробации диагностической системы «ТБ-ТЕСТ», предназначенной для обнаружения лекарственно устойчивых форм туберкулёза (2012 – 2013 гг).
На следующем этапе развития лаборатории ключевым направлением стали исследования, посвящённые Mycobacterium tuberculosis. Впервые была получена полная геномная последовательность эндемичного для России штамма CTRI-2, выявлены перестройки сегментов хромосомы у изолятов кластера Beijing B0/W148. Были предложены новые схемы типирования и маркеры для быстрой идентификации штаммов. С использованием омиксных подходов изучено влияние различных факторов на вирулентность и эволюцию M. tuberculosis. Исследования в разные годы поддерживались грантами РФФИ и РНФ.
Параллельно формировалось ещё одно важное направление — изучение бактериофагов Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae и Mycobacterium tuberculosis. В рамках этого направления был описан первый микобактериофаг, выделенный на территории России; охарактеризовано более 30 новых бактериофагов K. pneumoniae и S. aureus, обладающих потенциалом для фаговой терапии; опубликован транскрипционный ландшафт стафилофага из семейства Herelleviridae; разработан ПЦР-метод для быстрой таксономической дифференциации вирулентных фагов S. aureus и K. pneumoniae, открывающий новые возможности для их терапевтического применения. Работы в этом направлении выполнялись в рамках государственных заданий и при поддержке грантов РНФ.
Становление лаборатории ознаменовалось реализацией крупных проектов, посвященных молекулярному мониторингу и системной биологии Neisseria gonorrhoeae (2003 – 2008 гг), разработке и внедрению в практику масс-спектрометрических методов идентификации и типирования микроорганизмов (2005 – 2012 гг), апробации диагностической системы «ТБ-ТЕСТ», предназначенной для обнаружения лекарственно устойчивых форм туберкулёза (2012 – 2013 гг).
На следующем этапе развития лаборатории ключевым направлением стали исследования, посвящённые Mycobacterium tuberculosis. Впервые была получена полная геномная последовательность эндемичного для России штамма CTRI-2, выявлены перестройки сегментов хромосомы у изолятов кластера Beijing B0/W148. Были предложены новые схемы типирования и маркеры для быстрой идентификации штаммов. С использованием омиксных подходов изучено влияние различных факторов на вирулентность и эволюцию M. tuberculosis. Исследования в разные годы поддерживались грантами РФФИ и РНФ.
Параллельно формировалось ещё одно важное направление — изучение бактериофагов Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae и Mycobacterium tuberculosis. В рамках этого направления был описан первый микобактериофаг, выделенный на территории России; охарактеризовано более 30 новых бактериофагов K. pneumoniae и S. aureus, обладающих потенциалом для фаговой терапии; опубликован транскрипционный ландшафт стафилофага из семейства Herelleviridae; разработан ПЦР-метод для быстрой таксономической дифференциации вирулентных фагов S. aureus и K. pneumoniae, открывающий новые возможности для их терапевтического применения. Работы в этом направлении выполнялись в рамках государственных заданий и при поддержке грантов РНФ.
По результатам исследований опубликовано более 150 статей в реферируемых отечественных и зарубежных журналах. Исследования лаборатории отмечены Премией Правительства Москвы и медалями РАН.
Доктор биологических наук
Заведующий лабораторией
Шитиков Егор Александрович
E-mail: eshitikov[at]mail[dot]ru
Scopus: 24605593300
- Разработка и оптимизация методов молекулярной диагностики и типирования бактериальных патогенов, в том числе Mycobacterium tuberculosis
- Изучение морфологических, генетических и функциональных характеристик фагов, определение механизмов их взаимодействия с бактериями
- Применение современных омиксных подходов (геномика, транскриптомика, протеомика) для исследования механизмов патогенности и резистентности патогенных бактерий, а также эффектов взаимодействия фаг-бактерия
Научные интересы:
Кандидат биологических наук
Cтарший научный сотрудник
Корниенко Мария Андреевна
Scopus: 57194476827
- Изучение взаимодействия Staphylococcus aureus с вирулентными бактериофагами — с акцентом на молекулярные механизмы устойчивости бактерий к фагам
- Разработка комбинированных антимикробных подходов — исследование эффективности сочетания бактериофагов и антибиотиков в in vitro и in vivo моделях, направленное на повышение терапевтической результативности в случае инфекции, вызванных штаммами устойчивыми к антибиотикам
Научные интересы:
Кандидат биологических наук
Научный сотрудник
Малахова Майя Владимировна
Scopus: 6701836768
- Поиск новых антибактериальных препаратов
- Разработка и оптимизация методов выделения и анализа фагов
- Использование методов молекулярной биологии для изучения взаимодействия бактериофагов с клетками бактерий
- Исследование лизогенных и литических бактериофагов и способов интеграции в геном
Научные интересы:
Кандидат биологических наук
Научный сотрудник
Зайчикова Марина Викторовна
Scopus: 27468156200
- Поиск бактериофагов, активных в отношении микобактерий
- Фаговая терапия инфекций, вызываемых микобактериями, включая M. tuberculosis, фаги как потенциальные противотуберкулезные препараты.
- Туберкулез как одно из наиболее социально значимых современных заболеваний
- Архитектура генов микобактериофагов, функции фаговых белков
Научные интересы:
Младший научный сотрудник
Городничев Роман Борисович
Scopus: 55631465100
- Биологическое разнообразие бактериофагов K. pneumoniae
- Фаговая терапия
- Рецептор-связывающие белки бактериофагов
Научные интересы:
Младший научный сотрудник
Беспятых Дмитрий Андреевич
Scopus: 57212411091
- Анализ геномных и транскриптомных данных бактерий и бактериофагов
- Интеграция омиксных данных для исследования взаимодействия фагов и бактерий, включая оценку эффектов фаговых производных и комбинаций с антибиотиками
- Системная биология патогенов
Научные интересы:
Младший научный сотрудник
Абдраймова Нарина Казбековна
Scopus: 57994048000
- Изучение совместного применения бактериофагов и антибиотиков в отношении планктонных клеток и биопленок S. aureus
- Исследования взаимодействий в системе фаг-бактерия-антибиотик с использованием омиксных технологий
Научные интересы:
Младший научный сотрудник
Кривуля Анастасия Олеговна
Scopus: 58861870700
- Разнообразие вирулетных и умеренных бактериофагов K. pneumoniae
- Фаговая терапия инфекций, вызванных K. pneumoniae
- Рецептор-связывающие белки фагов
Научные интересы:
Лаборант-исследователь
Киселев Сергей Игоревич
- Анализ геномной вариабельности Mycobacterium tuberculosis для выявления мутаций, связанных с патогенностью и лекарственной устойчивостью
- Разработка биоинформатических пайплайнов для анализа и обработки геномных данных
- Аннотация однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и изучение их функциональной значимости
- Функциональная аннотация геномов, собранных методом de novo
- Сборка геномов методом de novo с использованием данных NGS
Научные интересы:
Студент ПМГМУ имени И.М. Сеченова
Лаборант-исследователь
Сидорская Марьям Олеговна
- Поиск и исследование вирулентных бактериофагов против K. pneumoniae
- Фаговая терапия
- Создание фаговых коктейлей против Aeromonas и Pseudomonas
Научные интересы:
Студент МФТИ(НИУ)
Лаборант-исследователь
Кузнецова Софья Михайловна
- Поиск, выделение и исследование микобактериофагов активных в отношении Mycobacterium smegmatis mc2 155
- Исследование лизогенных и литических бактериофагов и способов интеграция в геном
- Фаговая терапия
Научные интересы:
Студент МГУ имени М.В. Ломоносова
Лаборант-исследователь
Медведев Кирилл Евгеньевич
- Изучение разнообразия профаговых интеграз S. aureus и их связи с генами факторов вирулентности
- Создание фаговых коктейлей против Aeromonas и Pseudomonas
Научные интересы:
Исследования микобактерий и их фагов
1) Vic9 mycobacteriophage: the first subcluster B2 phage isolated in Russia
Zaychikova M, Malakhova M, Bespiatykh D, Kornienko M, Klimina K, Strokach A, Gorodnichev R, German A, Fursov M, Bagrov D, Vnukova A, Gracheva A, Kazyulina A, Shleeva M, Shitikov E.
Frontiers in Microbiology. 2025;15:1513081. doi: 10.3389/fmicb.2024.1513081
2) Insight into pathogenomics and phylogeography of hypervirulent and highly-lethal Mycobacterium tuberculosis strain cluster
Mokrousov I, Vyazovaya A, Shitikov E, Badleeva M, Belopolskaya O, Bespiatykh D, Gerasimova A, Ioannidis P, Jiao W, Khromova P, Masharsky A, Naizabayeva D, Papaventsis D, Pasechnik O, Perdigão J, Rastogi N, Shen A, Sinkov V, Skiba Y, Solovieva N, Tafaj S, Valcheva V, Kostyukova I, Zhdanova S, Zhuravlev V, Ogarkov O.
BMC Infect Dis. 2023;23(1):426. doi: 10.1186/s12879-023-08413-7
3) A revised SNP-based barcoding scheme for typing Mycobacterium tuberculosis complex isolates
Shitikov E, Bespiatykh D.
mSphere 2023;8(4):e0016923. doi: 10.1128/msphere.00169-23
4) Genome-wide transcriptional response of Mycobacterium smegmatis MC2155 to G-quadruplex ligands BRACO-19 and TMPyP4
Shitikov E, Bespiatykh D, Malakhova M, Bespyatykh J, Bodoev I, Vedekhina T, Zaychikova M, Veselovsky V, Klimina K, Ilina E, Varizhuk A.
Front Microbiol. 2022;13:817024. doi: 10.3389/fmicb.2022.817024
5) Влияние субингибирующих концентраций G4-стабилизирующих лигандов на транскриптомный профиль Mycobacterium smegmatis
Зайчикова М.В., Беспятых Д.А., Малахова М.В., Бодоев И.Н., Ведехина Т.С., Веселовский В.А., Климина К.М., Варижук А.М., Шитиков Е.А.
Вестник РГМУ. 2022;3:26-33. doi: 10.3389/fmicb.2022.817024
6) G-квадруплексы у бактерий: функциональная роль и перспективы использования в качестве биомишеней
Шитиков Е.А., Беспятых Д.А., Бодоев И.Н., Зайчикова М.В.
Биомедицинская химия. 2022;68(2): 93-103. doi: 10.18097/PBMC20226802093
7) Transcontinental spread and evolution of Mycobacterium tuberculosis W148 European/Russian clade toward extensively drug resistant tuberculosis
Merker M, Rasigade J, Barbier M, Cox H, Feuerriegel S, Kohl T, Shitikov E, Klaos K, Gaudin C, Antoine R, Diel R, Borrell S, Gagneux S, Nikolayevskyy V, Andres S, Crudu V, Supply P, Niemann S, Wirth T.
Nat Commun. 2022;13(1):5105. doi: 10.1038/s41467-022-32455-1
8) Proteogenomic approach for Mycobacterium tuberculosis investigation
Bespyatykh J, Arapidi G, Shitikov E.
Methods Mol Biol. 2021;2259:191-201. doi: 10.1007/978-1-0716-1178-4_12
9) A comprehensive map of Mycobacterium tuberculosis complex regions of difference
Bespiatykh D, Bespyatykh J, Mokrousov I, Shitikov E.
mSphere. 2021;6(4):e0053521. doi: 10.1128/mSphere.00535-21
10) Transcriptomic profile of Mycobacterium smegmatis in response to an Imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazine reveals its possible impact on iron metabolism
Vatlin A, Shitikov E, Shahbaaz M, Bespiatykh D, Klimina K, Christoffels A, Danilenko V and Maslov D.
Front. Microbiol. 2021;12:724042. doi: 10.3389/fmicb.2021.72404
11) Probable long‐term prevalence for a predominant Mycobacterium tuberculosis clone of a Beijing genotype in Colon, Panama
Acosta F, Norman A, Sambrano D, Batista V, Mokrousov I, Shitikov E, Jurado J, Mayrena M, Luque O, Garay M, Solis L.
Transboundary and Emerging Diseases. 2021;68(4):2229-38 doi: 10.1111/tbed.13875
12) MDR and Pre-XDR clinical Mycobacterium tuberculosis Beijing strains: assessment of virulence and host cytokine response in mice infectious model
Fursov M, Shitikov E, Lagutkin D, Fursova A, Ganina E, Kombarova T, Grishenko N, Rudnitskaya T, Bespiatykh D, Kolupaeva N, Firstova V, Domotenko L, Panova A, Vinokurov A, Gushchin V, Tkachuk A, Vasilyeva I, Potapov V, Dyatlov I.
Microorganisms. 2021;9(8):1792. doi: 10.3390/microorganisms9081792.
13) Metabolic changes of Mycobacterium tuberculosis during anti-tuberculosis therapy
Bespyatykh J, Shitikov E, Bespiatykh D, Guliaev A, Klimina K, Veselovsky V, Arapidi G, Dogonadze M, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V.
Pathogens. 2020;9(2):131. doi: 10.3390/pathogens9020131
14) Genotyping, assessment of virulence and antibacterial resistance of the Rostov strain of Mycobacterium tuberculosis attributed to the Central Asia outbreak clade
Fursov M, Shitikov E, Bespyatykh J, Bogun A, Kislichkina A, Kombarova T, Rudnitskaya T, Grishenko N, Ganina E, Domotenko L, Fursova N, Potapov V, Dyatlov I.
Pathogens. 2020;9(5):335. doi: 10.3390/pathogens9050335
15) Aureolic acid group of agents as potential antituberculosis drugs
Bespyatykh J, Bespiatykh D, Malakhova M, Klimina K, Bespyatykh A, Varizhuk A, Tevyashova A, Nikolenko T, Pozmogova G, Ilina E, Shitikov E.
Antibiotics. 2020;9(10):715. doi: 10.3390/antibiotics9100715
1) Vic9 mycobacteriophage: the first subcluster B2 phage isolated in Russia
Zaychikova M, Malakhova M, Bespiatykh D, Kornienko M, Klimina K, Strokach A, Gorodnichev R, German A, Fursov M, Bagrov D, Vnukova A, Gracheva A, Kazyulina A, Shleeva M, Shitikov E.
Frontiers in Microbiology. 2025;15:1513081. doi: 10.3389/fmicb.2024.1513081
2) Insight into pathogenomics and phylogeography of hypervirulent and highly-lethal Mycobacterium tuberculosis strain cluster
Mokrousov I, Vyazovaya A, Shitikov E, Badleeva M, Belopolskaya O, Bespiatykh D, Gerasimova A, Ioannidis P, Jiao W, Khromova P, Masharsky A, Naizabayeva D, Papaventsis D, Pasechnik O, Perdigão J, Rastogi N, Shen A, Sinkov V, Skiba Y, Solovieva N, Tafaj S, Valcheva V, Kostyukova I, Zhdanova S, Zhuravlev V, Ogarkov O.
BMC Infect Dis. 2023;23(1):426. doi: 10.1186/s12879-023-08413-7
3) A revised SNP-based barcoding scheme for typing Mycobacterium tuberculosis complex isolates
Shitikov E, Bespiatykh D.
mSphere 2023;8(4):e0016923. doi: 10.1128/msphere.00169-23
4) Genome-wide transcriptional response of Mycobacterium smegmatis MC2155 to G-quadruplex ligands BRACO-19 and TMPyP4
Shitikov E, Bespiatykh D, Malakhova M, Bespyatykh J, Bodoev I, Vedekhina T, Zaychikova M, Veselovsky V, Klimina K, Ilina E, Varizhuk A.
Front Microbiol. 2022;13:817024. doi: 10.3389/fmicb.2022.817024
5) Влияние субингибирующих концентраций G4-стабилизирующих лигандов на транскриптомный профиль Mycobacterium smegmatis
Зайчикова М.В., Беспятых Д.А., Малахова М.В., Бодоев И.Н., Ведехина Т.С., Веселовский В.А., Климина К.М., Варижук А.М., Шитиков Е.А.
Вестник РГМУ. 2022;3:26-33. doi: 10.3389/fmicb.2022.817024
6) G-квадруплексы у бактерий: функциональная роль и перспективы использования в качестве биомишеней
Шитиков Е.А., Беспятых Д.А., Бодоев И.Н., Зайчикова М.В.
Биомедицинская химия. 2022;68(2): 93-103. doi: 10.18097/PBMC20226802093
7) Transcontinental spread and evolution of Mycobacterium tuberculosis W148 European/Russian clade toward extensively drug resistant tuberculosis
Merker M, Rasigade J, Barbier M, Cox H, Feuerriegel S, Kohl T, Shitikov E, Klaos K, Gaudin C, Antoine R, Diel R, Borrell S, Gagneux S, Nikolayevskyy V, Andres S, Crudu V, Supply P, Niemann S, Wirth T.
Nat Commun. 2022;13(1):5105. doi: 10.1038/s41467-022-32455-1
8) Proteogenomic approach for Mycobacterium tuberculosis investigation
Bespyatykh J, Arapidi G, Shitikov E.
Methods Mol Biol. 2021;2259:191-201. doi: 10.1007/978-1-0716-1178-4_12
9) A comprehensive map of Mycobacterium tuberculosis complex regions of difference
Bespiatykh D, Bespyatykh J, Mokrousov I, Shitikov E.
mSphere. 2021;6(4):e0053521. doi: 10.1128/mSphere.00535-21
10) Transcriptomic profile of Mycobacterium smegmatis in response to an Imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazine reveals its possible impact on iron metabolism
Vatlin A, Shitikov E, Shahbaaz M, Bespiatykh D, Klimina K, Christoffels A, Danilenko V and Maslov D.
Front. Microbiol. 2021;12:724042. doi: 10.3389/fmicb.2021.72404
11) Probable long‐term prevalence for a predominant Mycobacterium tuberculosis clone of a Beijing genotype in Colon, Panama
Acosta F, Norman A, Sambrano D, Batista V, Mokrousov I, Shitikov E, Jurado J, Mayrena M, Luque O, Garay M, Solis L.
Transboundary and Emerging Diseases. 2021;68(4):2229-38 doi: 10.1111/tbed.13875
12) MDR and Pre-XDR clinical Mycobacterium tuberculosis Beijing strains: assessment of virulence and host cytokine response in mice infectious model
Fursov M, Shitikov E, Lagutkin D, Fursova A, Ganina E, Kombarova T, Grishenko N, Rudnitskaya T, Bespiatykh D, Kolupaeva N, Firstova V, Domotenko L, Panova A, Vinokurov A, Gushchin V, Tkachuk A, Vasilyeva I, Potapov V, Dyatlov I.
Microorganisms. 2021;9(8):1792. doi: 10.3390/microorganisms9081792.
13) Metabolic changes of Mycobacterium tuberculosis during anti-tuberculosis therapy
Bespyatykh J, Shitikov E, Bespiatykh D, Guliaev A, Klimina K, Veselovsky V, Arapidi G, Dogonadze M, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V.
Pathogens. 2020;9(2):131. doi: 10.3390/pathogens9020131
14) Genotyping, assessment of virulence and antibacterial resistance of the Rostov strain of Mycobacterium tuberculosis attributed to the Central Asia outbreak clade
Fursov M, Shitikov E, Bespyatykh J, Bogun A, Kislichkina A, Kombarova T, Rudnitskaya T, Grishenko N, Ganina E, Domotenko L, Fursova N, Potapov V, Dyatlov I.
Pathogens. 2020;9(5):335. doi: 10.3390/pathogens9050335
15) Aureolic acid group of agents as potential antituberculosis drugs
Bespyatykh J, Bespiatykh D, Malakhova M, Klimina K, Bespyatykh A, Varizhuk A, Tevyashova A, Nikolenko T, Pozmogova G, Ilina E, Shitikov E.
Antibiotics. 2020;9(10):715. doi: 10.3390/antibiotics9100715
Staphylococcus aureus и стафилофаги
1) Оценка эффективности этиотропной терапии линезолидом и бактериофагом на мышиной модели стафилококковой инфекции
Корниенко М.А., Кузин В.В., Абдраймова Н.К., Городничев Р.Б., Шитиков Е.А.
Вестник РГМУ. 2024; 6:114-122. doi: 10.24075/vrgmu.2024.062
2) Bacteriocin from the raccoon dog oral microbiota inhibits the growth of pathogenic methicillin-resistant Staphylococcus aureus
Baranova M, Soboleva E, Kornienko M, Malakhova M, Mokrushina Yu, Gabibov A, Terekhov S, Smirnov I.
Acta Naturae. 2024;16(4):105-108. doi: 10.32607/actanaturae.27349.
3) Воздействие литических бактериофагов семейств Herelleviridae и Rountreeviridae на биопленки Staphylococcus aureus
Абдраймова Н.К., Шитиков Е.А., Малахова М.В., Городничев Р.Б., Корниенко М.А.
Вестник РГМУ. 2024; 6: 107-113. doi: 10.24075/vrgmu.2024.061
4) Response of Staphylococcus aureus to combination of virulent bacteriophage vB_SauM-515A1 and linezolid
Abdraimova N, Shitikov E, Bespiatykh D, Gorodnichev R, Klimina K, Veselovsky V, Boldyreva D, Bogdanova A, Klinov D, Kornienko M.
Front Microbiol. 2024;15:1519312. doi: 10.3389/fmicb.2024.1519312
5) Multiomics analysis of Staphylococcus aureus ST239 strains resistant to virulent Herelleviridae phages
Kornienko M, Bespiatykh D, Abdraimova N, Gorodnichev R, Gostev V, Boldyreva D, Selezneva O, Veselovsky V, Pobeguts O, Smirnov I, Arapidi G, Klimina K, Shitikov E.
Sci Rep. 2024;14(1):29375. doi: 10.1038/s41598-024-80909-x.
6) Комбинация бактериофагов и антибиотиков как наиболее эффективный подход борьбы со Staphylococcus aureus
Абдраймова Н.К., Шитиков Е.А., Городничев Р.Б., Корниенко М.А.
Мед экстрем ситуаций. 2023;25(4): 39–47. doi: 10.47183/mes.2023.058
7) PCR assay for rapid taxonomic differentiation of virulent Staphylococcus aureus and Klebsiella pneumoniae bacteriophages
Kornienko M, Bespiatykh D, Malakhova M, Gorodnichev R, Kuptsov N, Shitikov E.
Int J Mol Sci. 2023;24(5):4483. doi: 10.3390/ijms24054483.
8) Global transcriptomic response of Staphylococcus aureus to virulent bacteriophage infection
Kuptsov N, Kornienko M, Bespiatykh D, Gorodnichev R, Klimina K, Veselovsky V, Shitikov E.
Viruses 2022;14 (3):567. doi: 10.3390/v14030567
9) Комбинированное воздействие бактериофага vB_SauM-515A1 и антибиотиков на клинические изоляты Staphylococcus aureus
Абдраймова Н.К., Корниенко М.А., Беспятых Д.А., Купцов Н.С., Городничев Р.Б., Шитиков Е.А.
Вестник РГМУ. 2022;5:23-29. doi: 10.24075/brsmu.2022.052
10) Contribution of Podoviridae and Myoviridae bacteriophages to the effectiveness of anti-staphylococcal therapeutic cocktails
Kornienko M, Kuptsov N, Gorodnichev R, Bespiatykh D, Guliaev A, Letarova M, Kulikov E, Veselovsky V, Malakhova M, Letarov A, Ilina E, Shitikov E.
Sci Rep. 2020;10(1):18612. doi: 10.1038/s41598-020-75637-x.
11) Transcriptional landscape of Staphylococcus aureus Kayvirus Bacteriophage vB_SauM-515A1
Kornienko M, Fisunov G, Bespiatykh D, Kuptsov N, Gorodnichev R, Klimina K, Kulikov E, Ilina E, Letarov A, Shitikov E.
Viruses. 2020;12(11):1320. doi: 10.3390/v12111320.
1) Оценка эффективности этиотропной терапии линезолидом и бактериофагом на мышиной модели стафилококковой инфекции
Корниенко М.А., Кузин В.В., Абдраймова Н.К., Городничев Р.Б., Шитиков Е.А.
Вестник РГМУ. 2024; 6:114-122. doi: 10.24075/vrgmu.2024.062
2) Bacteriocin from the raccoon dog oral microbiota inhibits the growth of pathogenic methicillin-resistant Staphylococcus aureus
Baranova M, Soboleva E, Kornienko M, Malakhova M, Mokrushina Yu, Gabibov A, Terekhov S, Smirnov I.
Acta Naturae. 2024;16(4):105-108. doi: 10.32607/actanaturae.27349.
3) Воздействие литических бактериофагов семейств Herelleviridae и Rountreeviridae на биопленки Staphylococcus aureus
Абдраймова Н.К., Шитиков Е.А., Малахова М.В., Городничев Р.Б., Корниенко М.А.
Вестник РГМУ. 2024; 6: 107-113. doi: 10.24075/vrgmu.2024.061
4) Response of Staphylococcus aureus to combination of virulent bacteriophage vB_SauM-515A1 and linezolid
Abdraimova N, Shitikov E, Bespiatykh D, Gorodnichev R, Klimina K, Veselovsky V, Boldyreva D, Bogdanova A, Klinov D, Kornienko M.
Front Microbiol. 2024;15:1519312. doi: 10.3389/fmicb.2024.1519312
5) Multiomics analysis of Staphylococcus aureus ST239 strains resistant to virulent Herelleviridae phages
Kornienko M, Bespiatykh D, Abdraimova N, Gorodnichev R, Gostev V, Boldyreva D, Selezneva O, Veselovsky V, Pobeguts O, Smirnov I, Arapidi G, Klimina K, Shitikov E.
Sci Rep. 2024;14(1):29375. doi: 10.1038/s41598-024-80909-x.
6) Комбинация бактериофагов и антибиотиков как наиболее эффективный подход борьбы со Staphylococcus aureus
Абдраймова Н.К., Шитиков Е.А., Городничев Р.Б., Корниенко М.А.
Мед экстрем ситуаций. 2023;25(4): 39–47. doi: 10.47183/mes.2023.058
7) PCR assay for rapid taxonomic differentiation of virulent Staphylococcus aureus and Klebsiella pneumoniae bacteriophages
Kornienko M, Bespiatykh D, Malakhova M, Gorodnichev R, Kuptsov N, Shitikov E.
Int J Mol Sci. 2023;24(5):4483. doi: 10.3390/ijms24054483.
8) Global transcriptomic response of Staphylococcus aureus to virulent bacteriophage infection
Kuptsov N, Kornienko M, Bespiatykh D, Gorodnichev R, Klimina K, Veselovsky V, Shitikov E.
Viruses 2022;14 (3):567. doi: 10.3390/v14030567
9) Комбинированное воздействие бактериофага vB_SauM-515A1 и антибиотиков на клинические изоляты Staphylococcus aureus
Абдраймова Н.К., Корниенко М.А., Беспятых Д.А., Купцов Н.С., Городничев Р.Б., Шитиков Е.А.
Вестник РГМУ. 2022;5:23-29. doi: 10.24075/brsmu.2022.052
10) Contribution of Podoviridae and Myoviridae bacteriophages to the effectiveness of anti-staphylococcal therapeutic cocktails
Kornienko M, Kuptsov N, Gorodnichev R, Bespiatykh D, Guliaev A, Letarova M, Kulikov E, Veselovsky V, Malakhova M, Letarov A, Ilina E, Shitikov E.
Sci Rep. 2020;10(1):18612. doi: 10.1038/s41598-020-75637-x.
11) Transcriptional landscape of Staphylococcus aureus Kayvirus Bacteriophage vB_SauM-515A1
Kornienko M, Fisunov G, Bespiatykh D, Kuptsov N, Gorodnichev R, Klimina K, Kulikov E, Ilina E, Letarov A, Shitikov E.
Viruses. 2020;12(11):1320. doi: 10.3390/v12111320.
Klebsiella pneumoniae и бактериофаги
1) Phage-antibiotic combinations against Klebsiella pneumoniae: impact of methodological approaches on effect evaluation
Gorodnichev R, Krivulia A, Kornienko M, Abdraimova N, Malakhova M, Zaychikova M, Bespiatykh D, Manuvera V, Shitikov E.
Front Microbiol. 2025;16:1530819. doi: 10.3389/fmicb.2025.1530819.
2) Влияние комбинаций антибиотиков, фагов и деполимеразы на биопленки лекарственно-устойчивого штамма Klebsiella pneumoniae
Кривуля А.О., Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Абдраймова Н.К., Малахова М.В., Зайчикова М.В., Шитиков Е. А.
Медицина экстремальных ситуаций. 2024;26(4):58-65. doi: 10.47183/mes.2024-26-4-58-65
3) Isolation and characterization of the first Zobellviridae family bacteriophage infecting Klebsiella pneumoniae
Gorodnichev R, Kornienko M, Malakhova M, Bespiatykh D, Manuvera V, Selezneva O, Veselovsky V, Bagrov D, Zaychikova M, Osnach V, Shabalina A, Goloshchapov O, Bespyatykh J, Dolgova A, Shitikov E.
Int J Mol Sci. 2023;24(4):4038. doi: 10.3390/ijms24044038
4) Выделение и характеристика вирулентных бактериофагов против Klebsiella pneumoniae значимых капсульных типов
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Беспятых Д.А., Малахова М.В., Кривуля А.О., Веселовский В.А., Беспятых Ю.А., Голощапов О.В., Черненькая Т.В., Шитиков Е.А
Медицина экстремальных ситуаций. 2023;25(4):159-167. doi: 10.47183/mes.2023.060
5) Выделение и характеристика бактериофагов Klebsiella pneumoniae, кодирующих полисахарид-деполимеразы с уникальной капсульной специфичностью
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Беспятых Д.А., Малахова М.В., Веселовский В.А., Голощапов О.В., Чухловин А.Б., Беспятых Ю.А., Шитиков Е.А.
Медицина экстремальных ситуаций. 2022;24(4): 52–59. doi: 10.47183/mes.2022.038
6) Молекулярно-генетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, перспективных для применения в фаговой терапии
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Купцов Н.С., Малахова М.В., Беспятых Д.А., Веселовский В.А., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н.
Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):90-7. doi: 10.47183/mes.2021.035
7) Сравнение методов очистки фаговых лизатов грамотрицательных бактерий для персонализированной терапии
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Купцов Н.С., Ефимов А.Д., Богдан В.И., Летаров А.В., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н.
Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):30-7. doi: 10.47183/mes.2021.029
8) Novel Klebsiella pneumoniae K23-specific bacteriophages from different families: similarity of depolymerases and their therapeutic potential
Gorodnichev R, Volozhantsev N, Krasilnikova V, Bodoev I, Kornienko M, Kuptsov N, Popova A, Makarenko G, Manolov A, Slukin P, Bespiatykh D, Verevkin V, Denisenko E, Kulikov E, Veselovsky V, Malakhova M, Dyatlov I, Ilina E, Shitikov E.
Front Microbiol. 2021;12:669618. doi: 10.3389/fmicb.2021.669618
1) Phage-antibiotic combinations against Klebsiella pneumoniae: impact of methodological approaches on effect evaluation
Gorodnichev R, Krivulia A, Kornienko M, Abdraimova N, Malakhova M, Zaychikova M, Bespiatykh D, Manuvera V, Shitikov E.
Front Microbiol. 2025;16:1530819. doi: 10.3389/fmicb.2025.1530819.
2) Влияние комбинаций антибиотиков, фагов и деполимеразы на биопленки лекарственно-устойчивого штамма Klebsiella pneumoniae
Кривуля А.О., Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Абдраймова Н.К., Малахова М.В., Зайчикова М.В., Шитиков Е. А.
Медицина экстремальных ситуаций. 2024;26(4):58-65. doi: 10.47183/mes.2024-26-4-58-65
3) Isolation and characterization of the first Zobellviridae family bacteriophage infecting Klebsiella pneumoniae
Gorodnichev R, Kornienko M, Malakhova M, Bespiatykh D, Manuvera V, Selezneva O, Veselovsky V, Bagrov D, Zaychikova M, Osnach V, Shabalina A, Goloshchapov O, Bespyatykh J, Dolgova A, Shitikov E.
Int J Mol Sci. 2023;24(4):4038. doi: 10.3390/ijms24044038
4) Выделение и характеристика вирулентных бактериофагов против Klebsiella pneumoniae значимых капсульных типов
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Беспятых Д.А., Малахова М.В., Кривуля А.О., Веселовский В.А., Беспятых Ю.А., Голощапов О.В., Черненькая Т.В., Шитиков Е.А
Медицина экстремальных ситуаций. 2023;25(4):159-167. doi: 10.47183/mes.2023.060
5) Выделение и характеристика бактериофагов Klebsiella pneumoniae, кодирующих полисахарид-деполимеразы с уникальной капсульной специфичностью
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Беспятых Д.А., Малахова М.В., Веселовский В.А., Голощапов О.В., Чухловин А.Б., Беспятых Ю.А., Шитиков Е.А.
Медицина экстремальных ситуаций. 2022;24(4): 52–59. doi: 10.47183/mes.2022.038
6) Молекулярно-генетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, перспективных для применения в фаговой терапии
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Купцов Н.С., Малахова М.В., Беспятых Д.А., Веселовский В.А., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н.
Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):90-7. doi: 10.47183/mes.2021.035
7) Сравнение методов очистки фаговых лизатов грамотрицательных бактерий для персонализированной терапии
Городничев Р.Б., Корниенко М.А., Купцов Н.С., Ефимов А.Д., Богдан В.И., Летаров А.В., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н.
Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):30-7. doi: 10.47183/mes.2021.029
8) Novel Klebsiella pneumoniae K23-specific bacteriophages from different families: similarity of depolymerases and their therapeutic potential
Gorodnichev R, Volozhantsev N, Krasilnikova V, Bodoev I, Kornienko M, Kuptsov N, Popova A, Makarenko G, Manolov A, Slukin P, Bespiatykh D, Verevkin V, Denisenko E, Kulikov E, Veselovsky V, Malakhova M, Dyatlov I, Ilina E, Shitikov E.
Front Microbiol. 2021;12:669618. doi: 10.3389/fmicb.2021.669618
Иные проекты
1) Isolation, characterization, and unlocking the potential of Mimir124 phage for personalized treatment of difficult, multidrug-resistant uropathogenic E. coli strain
Golomidova A, Kupriyanov Y, Gabdrakhmanov R, Gurkova M, Kulikov E, Belalov I, Uskevich V, Bespiatykh D, Letarova M, Efimov A, Kuznetsov A, Shitikov E, Pushkar D, Letarov A, Zurabov F.
Int J Mol Sci. 2024;25(23):12755. doi: 10.3390/ijms252312755.
2) Functional Polyorganicsilsesquioxane nanocomposite hydrogels with encapsulated silver nanoparticles – promising compounds against gastrointestinal pathogen bacteria
Migulin D, Rozanova J, Meshkov I, Milenin S, Shitikov E, Muzafarov A.
ChemistrySelect. 2024;9: e202400441. doi.org/10.1002/slct.202400441
3) Transcriptional responses of Lacticaseibacillus rhamnosus to TNFα, IL-6, IL-8, and IL-10 cytokines
Klimina K, Dyachkova M, Veselovsky V, Zakharevich N, Strokach A, Selezneva O, Shitikov E, Bespiatykh D, Yunes R, Poluektova E, Odorskaya M, Ostroukhova P, Bruskin S, Danilenko V, Olekhnovich E.
Biology (Basel). 2024;13(11):931. doi: 10.3390/biology13110931.
4) The gene expression profile differs in growth phases of the Bifidobacterium Longum culture
Veselovsky V, Dyachkova M, Bespiatykh D, Yunes R, Shitikov E, Polyaeva P, Danilenko V, Olekhnovich E, Klimina K.
Microorganisms. 2022;10(8):1683. doi: 10.3390/microorganisms10081683
5) Вирус Эпштейна—Барр: оценка вариабельности генов gp350 и EBNA2
Соломай Т.В., Малахова М.В., Шитиков Е.А., Беспятых Д.А., Веселовский В.А., Семененко Т.А., Смирнова Д.И., Грачева А.В., Файзулоев Е.Б.
Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2022;40(3):32-40. doi: 10.17116/molgen20224003132
6) Evaluation of rye bran enzymatic hydrolysate effect on gene expression and bacteriocinogenic activity of lactic acid bacteria
Epishkina J, Romanova M, Chalenko M, Yu N, Karetkin B, Beloded A, Kornienko M, Averina Y, Shakir I, Panfilov V.
Fermentation. 2022;8(12): 752. https://doi.org/10.3390/ fermentation8120752
7) Streptocinnamides A and B, depsipeptides from Streptomyces sp. KMM 9044
Makarieva T, Romanenko L, Mineev K, Shubina L, Guglya E, Kalinovskaya N, Ivanchina N, Guzii A, Belozerova O, Kovalchuk S, Popov R, Denisenko V, Mikhailov VV, Babenko V, Ilina E, Malakhova M, Terekhov S, Kudzhaev A, Dmitrenok P, Yampolsky I, Stonik V.
Org Lett. 2022;24(27):4892-4895. doi: 10.1021/acs.orglett.2c01714.
8) Deep functional profiling of wild animal microbiomes reveals probiotic Bacillus pumilus strains with a common biosynthetic fingerprint
Baranova M, Kudzhaev A, Mokrushina Y, Babenko V, Kornienko M, Malakhova M, Yudin V, Rubtsova M, Zalevsky A, Belozerova O, Kovalchuk S, Zhuravlev Y, Ilina E, Gabibov A, Smirnov I, Terekhov S.
Int J Mol Sci. 2022;23(3):1168. doi: 10.3390/ijms2303116
9) Выделение и характеристика бактериофагов Pseudomonas aeruginosa — потенциальных агентов для фаговой терапии
Корниенко М. А., Купцов Н.С., Данилов Д.И., Городничев Р.Б., Малахова М.В., Беспятых Д.А., Веселовский В.А., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н.
Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3): 16-23. doi: 10.47183/mes.2021.027
10) A study on the synbiotic composition of Bifidobacterium bifidum and fructans from Arctium lappa roots and Helianthus tuberosus tubers against Staphylococcus aureus
Evdokimova S, Nokhaeva V, Karetkin B, Guseva E, Khabibulina N, Kornienko M, Grosheva V, Menshutina N, Shakir I, Panfilov V.
Microorganisms. 2021;9(5):930. doi: 10.3390/microorganisms9050930
11) Substitutions in SurA and BamA lead to reduced susceptibility to broad range antibiotics in gonococci
Bodoev I, Malakhova M, Bespyatykh J, Bespiatykh D, Arapidi G, Pobeguts O, Zgoda V, Shitikov E, Ilina E.
Genes (Basel). 2021;12(9):1312. doi: 10.3390/genes12091312.
12) Deep functional profiling facilitates the evaluation of the antibacterial potential of the antibiotic amicoumacin
Terekhov S, Nazarov A, Mokrushina Y, Baranova M, Potapova N, Malakhova M, Ilina E, Smirnov I, Gabibov A.
Antibiotics. 2020;9(4):157. doi: 10.3390/antibiotics9040157
13) Gene networks underlying the resistance of Bifidobacterium longum to inflammatory factors
Veselovsky V, Dyachkova M, Menyaylo E, Polyaeva P, Olekhnovich E, Shitikov E, Bespiatykh D, Semashko T, Kasianov A, Ilina E, Danilenko V, Klimina K.
Front Immunol. 2020;11:595877. doi: 10.3389/fimmu.2020.595877
14) The Hirudo Medicinalis Microbiome Is a Source of New Antimicrobial Peptides
Grafskaia E, Pavlova E, Babenko VV, Latsis I, Malakhova M, Lavrenova V, Bashkirov P, Belousov D, Klinov D, Lazarev V.
Int J Mol Sci. 2020;21(19):7141. doi: 10.3390/ijms21197141.
15) CRISPR-Cas systems: prospects for use in medicine
Zaychikova M, Danilenko V, Maslov D.
Appl. Sci. 2020;10(24), 9001. doi: 10.3390/app10249001
1) Isolation, characterization, and unlocking the potential of Mimir124 phage for personalized treatment of difficult, multidrug-resistant uropathogenic E. coli strain
Golomidova A, Kupriyanov Y, Gabdrakhmanov R, Gurkova M, Kulikov E, Belalov I, Uskevich V, Bespiatykh D, Letarova M, Efimov A, Kuznetsov A, Shitikov E, Pushkar D, Letarov A, Zurabov F.
Int J Mol Sci. 2024;25(23):12755. doi: 10.3390/ijms252312755.
2) Functional Polyorganicsilsesquioxane nanocomposite hydrogels with encapsulated silver nanoparticles – promising compounds against gastrointestinal pathogen bacteria
Migulin D, Rozanova J, Meshkov I, Milenin S, Shitikov E, Muzafarov A.
ChemistrySelect. 2024;9: e202400441. doi.org/10.1002/slct.202400441
3) Transcriptional responses of Lacticaseibacillus rhamnosus to TNFα, IL-6, IL-8, and IL-10 cytokines
Klimina K, Dyachkova M, Veselovsky V, Zakharevich N, Strokach A, Selezneva O, Shitikov E, Bespiatykh D, Yunes R, Poluektova E, Odorskaya M, Ostroukhova P, Bruskin S, Danilenko V, Olekhnovich E.
Biology (Basel). 2024;13(11):931. doi: 10.3390/biology13110931.
4) The gene expression profile differs in growth phases of the Bifidobacterium Longum culture
Veselovsky V, Dyachkova M, Bespiatykh D, Yunes R, Shitikov E, Polyaeva P, Danilenko V, Olekhnovich E, Klimina K.
Microorganisms. 2022;10(8):1683. doi: 10.3390/microorganisms10081683
5) Вирус Эпштейна—Барр: оценка вариабельности генов gp350 и EBNA2
Соломай Т.В., Малахова М.В., Шитиков Е.А., Беспятых Д.А., Веселовский В.А., Семененко Т.А., Смирнова Д.И., Грачева А.В., Файзулоев Е.Б.
Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2022;40(3):32-40. doi: 10.17116/molgen20224003132
6) Evaluation of rye bran enzymatic hydrolysate effect on gene expression and bacteriocinogenic activity of lactic acid bacteria
Epishkina J, Romanova M, Chalenko M, Yu N, Karetkin B, Beloded A, Kornienko M, Averina Y, Shakir I, Panfilov V.
Fermentation. 2022;8(12): 752. https://doi.org/10.3390/ fermentation8120752
7) Streptocinnamides A and B, depsipeptides from Streptomyces sp. KMM 9044
Makarieva T, Romanenko L, Mineev K, Shubina L, Guglya E, Kalinovskaya N, Ivanchina N, Guzii A, Belozerova O, Kovalchuk S, Popov R, Denisenko V, Mikhailov VV, Babenko V, Ilina E, Malakhova M, Terekhov S, Kudzhaev A, Dmitrenok P, Yampolsky I, Stonik V.
Org Lett. 2022;24(27):4892-4895. doi: 10.1021/acs.orglett.2c01714.
8) Deep functional profiling of wild animal microbiomes reveals probiotic Bacillus pumilus strains with a common biosynthetic fingerprint
Baranova M, Kudzhaev A, Mokrushina Y, Babenko V, Kornienko M, Malakhova M, Yudin V, Rubtsova M, Zalevsky A, Belozerova O, Kovalchuk S, Zhuravlev Y, Ilina E, Gabibov A, Smirnov I, Terekhov S.
Int J Mol Sci. 2022;23(3):1168. doi: 10.3390/ijms2303116
9) Выделение и характеристика бактериофагов Pseudomonas aeruginosa — потенциальных агентов для фаговой терапии
Корниенко М. А., Купцов Н.С., Данилов Д.И., Городничев Р.Б., Малахова М.В., Беспятых Д.А., Веселовский В.А., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н.
Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3): 16-23. doi: 10.47183/mes.2021.027
10) A study on the synbiotic composition of Bifidobacterium bifidum and fructans from Arctium lappa roots and Helianthus tuberosus tubers against Staphylococcus aureus
Evdokimova S, Nokhaeva V, Karetkin B, Guseva E, Khabibulina N, Kornienko M, Grosheva V, Menshutina N, Shakir I, Panfilov V.
Microorganisms. 2021;9(5):930. doi: 10.3390/microorganisms9050930
11) Substitutions in SurA and BamA lead to reduced susceptibility to broad range antibiotics in gonococci
Bodoev I, Malakhova M, Bespyatykh J, Bespiatykh D, Arapidi G, Pobeguts O, Zgoda V, Shitikov E, Ilina E.
Genes (Basel). 2021;12(9):1312. doi: 10.3390/genes12091312.
12) Deep functional profiling facilitates the evaluation of the antibacterial potential of the antibiotic amicoumacin
Terekhov S, Nazarov A, Mokrushina Y, Baranova M, Potapova N, Malakhova M, Ilina E, Smirnov I, Gabibov A.
Antibiotics. 2020;9(4):157. doi: 10.3390/antibiotics9040157
13) Gene networks underlying the resistance of Bifidobacterium longum to inflammatory factors
Veselovsky V, Dyachkova M, Menyaylo E, Polyaeva P, Olekhnovich E, Shitikov E, Bespiatykh D, Semashko T, Kasianov A, Ilina E, Danilenko V, Klimina K.
Front Immunol. 2020;11:595877. doi: 10.3389/fimmu.2020.595877
14) The Hirudo Medicinalis Microbiome Is a Source of New Antimicrobial Peptides
Grafskaia E, Pavlova E, Babenko VV, Latsis I, Malakhova M, Lavrenova V, Bashkirov P, Belousov D, Klinov D, Lazarev V.
Int J Mol Sci. 2020;21(19):7141. doi: 10.3390/ijms21197141.
15) CRISPR-Cas systems: prospects for use in medicine
Zaychikova M, Danilenko V, Maslov D.
Appl. Sci. 2020;10(24), 9001. doi: 10.3390/app10249001
Диссертационные исследования, проведенные и подготовленные к защите в лаборатории молекулярной генетики микроорганизмов
1) Генетическая вариабельность микобактерий туберкулезного комплекса: роль в биологии, эпидемиологии и контроле
Шитиков Егор Александрович
Диссертация соискание степени доктора биологических наук по специальности «молекулярная биология» (2024)
2) Биохимические и генетические особенности реализации патогенности госпитальными штаммами Staphylococcus epidermidis и Staphylococcus haemolyticus
Корниенко Мария Андреевна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «генетика» (2016)
3) Геномная и протеомная характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0/W148
Беспятых Юлия Андреевна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «биохимия» (2016)
4) Геномная вариабельность возбудителей лекарственно-устойчивого туберкулеза, распространенных на территории Российской Федерации
Шитиков Егор Александрович
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «биохимия» (2014)
5) Генетическое разнообразие и молекулярные основы резистентности Streptococcus pneumoniae к бета-лактамным антибиотикам
Савинова Татьяна Александровна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «микробиология», «молекулярная биология» (2011)
6) Молекулярно-генетические особенности устойчивости к бета-лактамным антибиотикам грамотрицательных микроорганизмов - возбудителей нозокомиальных инфекций
Мудрак Дарья Евгеньевна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «микробиология», «молекулярная биология» (2010)
7) Создание интегрированной геномно-протеомной системы для типирования и изучения патогенов бактериальной и вирусной природы
Ильина Елена Николаевна
Диссертация на соискание степени доктора биологических наук по специальности «биохимия» (2009)
8) Молекулярное типирование клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis
Афанасьев Максим Владимирович
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «биохимия» (2008)
9) Молекулярное типирование клинических штаммов Neisseria gonorrhoeae
Верещагин Владимир Александрович
Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 03.01.03 – молекулярная биология (2006)
1) Генетическая вариабельность микобактерий туберкулезного комплекса: роль в биологии, эпидемиологии и контроле
Шитиков Егор Александрович
Диссертация соискание степени доктора биологических наук по специальности «молекулярная биология» (2024)
2) Биохимические и генетические особенности реализации патогенности госпитальными штаммами Staphylococcus epidermidis и Staphylococcus haemolyticus
Корниенко Мария Андреевна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «генетика» (2016)
3) Геномная и протеомная характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0/W148
Беспятых Юлия Андреевна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «биохимия» (2016)
4) Геномная вариабельность возбудителей лекарственно-устойчивого туберкулеза, распространенных на территории Российской Федерации
Шитиков Егор Александрович
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «биохимия» (2014)
5) Генетическое разнообразие и молекулярные основы резистентности Streptococcus pneumoniae к бета-лактамным антибиотикам
Савинова Татьяна Александровна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «микробиология», «молекулярная биология» (2011)
6) Молекулярно-генетические особенности устойчивости к бета-лактамным антибиотикам грамотрицательных микроорганизмов - возбудителей нозокомиальных инфекций
Мудрак Дарья Евгеньевна
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «микробиология», «молекулярная биология» (2010)
7) Создание интегрированной геномно-протеомной системы для типирования и изучения патогенов бактериальной и вирусной природы
Ильина Елена Николаевна
Диссертация на соискание степени доктора биологических наук по специальности «биохимия» (2009)
8) Молекулярное типирование клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis
Афанасьев Максим Владимирович
Диссертация на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «биохимия» (2008)
9) Молекулярное типирование клинических штаммов Neisseria gonorrhoeae
Верещагин Владимир Александрович
Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 03.01.03 – молекулярная биология (2006)
Госзадания ФМБА России
«Разработка комплексной схемы терапии лекарственно-устойчивых возбудителей инфекционных заболеваний с применением бактериофагов или их производных в сочетании с антибактериальными препаратами». Шифр «Бактериофаг-2» (12202280139-0), 2022-2024 гг.
«Разработка персонализированного подхода терапии инфекционных процессов с применением вирулентных бактериофагов». Шифр «Бактериофаг» (АААА-А19-119052890049-0), 2019-2021 гг.
«Разработка комплексной схемы терапии лекарственно-устойчивых возбудителей инфекционных заболеваний с применением бактериофагов или их производных в сочетании с антибактериальными препаратами». Шифр «Бактериофаг-2» (12202280139-0), 2022-2024 гг.
«Разработка персонализированного подхода терапии инфекционных процессов с применением вирулентных бактериофагов». Шифр «Бактериофаг» (АААА-А19-119052890049-0), 2019-2021 гг.
РНФ
РНФ 25-15-68065 «Бактериофаги и антибиотики: путь к повышению эффективности терапии инфекций, вызванных Staphylococcus aureus», 2025-2026 гг.
РНФ 24-15-00514 «Микобактериофаги как потенциальные терапевтические агенты в борьбе с туберкулезом», 2024-2026 гг.
РНФ 22-15-00443 «Бактериофаги и антибиотики: путь к повышению эффективности терапии инфекций, вызванных Staphylococcus aureus», 2022-2024 гг.
РНФ 19-75-10109 «Геномные G-квадруплексы Mycobacterium tuberculosis как потенциальные мишени новых противотуберкулезных препаратов», 2020–2022 гг.
РНФ 17-15-01412 «Системное исследование клональных групп Mycobacterium tuberculosis семейства Beijing, циркулирующих на территории РФ», 2017-2019 гг.
РНФ 15-15-00158 «Поиск новых активаторов разрушения биопленок на основании протеомного анализа катетер-ассоциированных биопленок, образованных в условиях in vivo и in vitro», 2015–2017 гг.
РНФ 14-15-00689 «Особенности спектра белков, экспрессируемых Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0 в условиях in vitro и in vivo», 2014–2016 гг.
РНФ 25-15-68065 «Бактериофаги и антибиотики: путь к повышению эффективности терапии инфекций, вызванных Staphylococcus aureus», 2025-2026 гг.
РНФ 24-15-00514 «Микобактериофаги как потенциальные терапевтические агенты в борьбе с туберкулезом», 2024-2026 гг.
РНФ 22-15-00443 «Бактериофаги и антибиотики: путь к повышению эффективности терапии инфекций, вызванных Staphylococcus aureus», 2022-2024 гг.
РНФ 19-75-10109 «Геномные G-квадруплексы Mycobacterium tuberculosis как потенциальные мишени новых противотуберкулезных препаратов», 2020–2022 гг.
РНФ 17-15-01412 «Системное исследование клональных групп Mycobacterium tuberculosis семейства Beijing, циркулирующих на территории РФ», 2017-2019 гг.
РНФ 15-15-00158 «Поиск новых активаторов разрушения биопленок на основании протеомного анализа катетер-ассоциированных биопленок, образованных в условиях in vivo и in vitro», 2015–2017 гг.
РНФ 14-15-00689 «Особенности спектра белков, экспрессируемых Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0 в условиях in vitro и in vivo», 2014–2016 гг.
РФФИ
РФФИ 20-04-00686 «Применение методов глубокого машинного обучения в геномике Mycobacterium tuberculosis для создания открытой платформы по анализу эволюционных сигнатур патогена», 2020-2022 гг.
РФФИ 18-04-01035 «Исследование роли повторяющегося элемента IS6110 в микро- и макроэволюции Mycobacterium tuberculosis филогенетической линии 2», 2018–2019 гг.
РФФИ 18-34-00168 «Протеогеномная характеристика Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0/W148», 2018–2019 гг.
РФФИ 15-04-08158 «Расшифровка молекулярных механизмов проявления патогенности коагулазоотрицательными стафилококками», 2015–2017 гг.
РФФИ 20-04-00686 «Применение методов глубокого машинного обучения в геномике Mycobacterium tuberculosis для создания открытой платформы по анализу эволюционных сигнатур патогена», 2020-2022 гг.
РФФИ 18-04-01035 «Исследование роли повторяющегося элемента IS6110 в микро- и макроэволюции Mycobacterium tuberculosis филогенетической линии 2», 2018–2019 гг.
РФФИ 18-34-00168 «Протеогеномная характеристика Mycobacterium tuberculosis кластера Beijing B0/W148», 2018–2019 гг.
РФФИ 15-04-08158 «Расшифровка молекулярных механизмов проявления патогенности коагулазоотрицательными стафилококками», 2015–2017 гг.
